В результате распространения смертоносного вируса, остатки выживших людей оказываются в изоляции в одном отцепленном городе, где постепенно начинает назревать серьезный политический конфликт. Иен Флакс (Шарлиз Терон) – профессиональная убийца, обладающая фантастическими акробатическими способностями, должна уничтожить главу правительства, чтобы положить конец этим противоречиям. Красавица Эон Флакс, лучший агент подпольной повстанческой организации "Моника". Ее возможности, также как мотивы и действия, за пределами объяснимого. Когда Флакс посылают убить президента, она открывает для себя целый мир тайн и секретов.